本校之組織架構分為「教學單位」、「行政單位」及「各種委員會」。
◎教學單位：
包括6個學院 (理工、電機資訊、管理、客家研究、人文與社會、設計)及共同教育委員會，6個學院下設學系、所、中心、碩士或博士學位學程。
◎行政單位：
一級行政單位共計12個 (教務處、學生事務處、總務處、研究發展處、圖書館、體育室、資訊處、環境保護暨安全衛生中心、校務研究室、秘書室、人事室及主計室)。
◎各種委員會：
本校依法規設立之校務會議及各種委員會。
上述組織分別負責各項教學及行政事務之規劃、執行與考核。
◎詳細內容請參閱人事室/國立聯合大學組織規程 。
本校組織規程(1130801生效)：民國112年12月13日112學年度第1學期第2次校務會議修正通過，教育部民國113年1月25日臺教高(一)字第1130003277號函核定。